CCleaner permet de donner une nouvelle virginité à une machine sous Windows. Le premier onglet intitulé "Windows" se charge d'effacer les traces laissées sous Windows (cookies, historique, documents récents,...) et d'effacer les éléments inutiles (vider la poubelle, vider le presse papier, effacer les journaux Windows ou les fichiers temporaires).

Le second s'oriente vers les applications et supporte Mozilla/Firefox, Opera, Office, Acrobat, Emule, Google Toolbar, Paint Shop Pro, VNC Viewer, Quicktime ou encore Media player Classic. Pour chacun de ces logiciels, CCleaner efface les traces et les éléments inutiles.

Le troisième onglet permet de nettoyer la base de registre des éléments orphelins (dll inexistantes, programmes obsolètes, activeX et classes invalides, ou encore extensions de fichier inexistantes.

Les options du logiciel permettent de lancer un nettoyage au démarrage de Windows ou d'inclure dans le processus des répertoires à vider automatiquement.